El análisis de marcadores genéticos del cromosoma X es de gran utilidad en ciertos casos de mayor complejidad como en estudios de abuelidad que involucren una supuesta abuela y su nieta o en casos de media hermandad o hermandad o en la discriminación de ciertos parentescos, siempre que involucren descendencia femenina.
La información que brinda el análisis de estos marcadores es una herramienta muy valiosa ya que, en muchos casos, según el parentesco en estudio y el sexo de los individuos involucrados puede resolver casos que no sería posible mediante el análisis de marcadores autosómicos que se analizan en el resto de los estudios de rutina.